エクアドルの環境省（MAE）とガラパゴス国立公園局（GNP）は、チャールズ·ダーウィン財団、アメリカのセントルイス大学と連携し、ガラパゴス諸島の鳥類に影響を与える可能性のある病気について研究を行っている。

調査の結果、2008年半ばにマラリア原虫の存在が確認されていたが、これまでのところ、ガラパゴスペンギンにおける鳥マラリアへの感染は確認されていない。

研究チームは、このマラリア原虫を制御するため、媒体となっている蚊を特定するよう努めている。

数年前、絶滅危惧種に指定されているマングローブフィンチのような小さな陸鳥の個体数に影響を与えている寄生ハエ（Philornis dawnsi）が検出された。ガラパゴス国立公園局は、チャールズ·ダーウィン財団とさまざまな国の研究機関の支援を得て、2012年に、この外来種を制御する計画をたて、ワークショップを開発し、2013年、この外来種の制御と根絶のための効果的な方法を見つけた。

エルニーニョなどの異常気象も生態系へ影響を与え、病気の蔓延のリスクを高めるため、ガラパゴス国立公園局は、種の個体数の継続的な監視を行っている。
ペンギン、コバネウ、フラミンゴ、アホウドリ、カツオドリや渡り鳥に異常が見られた場合には、管理措置を採用する。

これらの監視活動はによって、ペンギン、フラミンゴおよびアホウドリなどのいくつかの種では、近年、生息数の増加が確認されている。