ワシントン大学のディー・ボアズマ教授によると世界中のペンギンが減っている中で、ガラパゴスペンギンは現在2500羽ほどしか生存していない。これは1970年代から現在までに1/4にまで激減していることを意味している。原因は世界的な気候変動と無縁でなく、エルニーニョ現象が温暖化によって巨大化していることが上げられる。人間活動がペンギンの生存を脅かしている。